Tvær aðaluppsprettur hlaupa í Jökulsá á Fjöllum.

Vatnasvið Jökulsár á Fjöllum er stórt. Kverká og Kreppa koma með vatn úr Brúarjökli.

Og frá tveimur af þremur hæstu eldfjöllum landsins, Kverkfjöllum og Bárðarbungu, kemur vatn í ána undan Dyngjujökli. 

Komið hefur fyrir að stíflulos í Kverkfjöllum, þar sem er mikill jarðhiti undir jökli og á yfirborði, hafi valdið hlaupum í ánni, en einnig óx jarðhiti undir vestanverðum Dyngjujökli þegar umbrot urðu undir jöklinum í aðdraganda Holuhraunsgossins. 

Jarðhiti er það mikill í austanverðri Bárðarbungu að í fyrsta skipti í sögunni var hægt síðsumars að horfa niður í gegnum jökulinn ofan í jarðhitasvæðið í gegnum lóðrétt op, sem hitinn hafði brætt.  

Rafleiðni í ánni farið hækkandi